NOTAS

Ok, aquí van las notas. No me llegó todo lo que me tenía que llegar por las tareas 3.*, pero tengo que cortar así que evalué según lo que me había llegado (me están apurando desde arriba y desde abajo, así que alea jacta est).

Notas: en este pdf. Y en el SIGA.

Que pasen gratas vacaciones!

UPDATE: Cuando ya había apretado el "enviar" en el SIGA, me llegó lo que faltaba de tarea 3 (comprenderán que en esta fecha ya no esperaba ver aparecer tareas). Sin embargo, el efecto de incluirlo es marginal, y básicamente a la baja, así que dejaré la planilla como está.

Novedades

1. En este archivo están las notas hasta la fecha y las ponderaciones. Puse el desglose por pregunta de las notas de la tarea 2 (en que las preguntas tenían 24, 26, 24 y 26 ptos, respectivamente), para que sepan por donde fue el sangrado.

2. Como verán, faltan las notas de tarea 3. Sobre eso, un par de cambios y precisiones:
* No habrá 3.4 ni 3.5, así que sólo son las tres que ya están.
* Hubo confusión sobre si la tarea 3 era individual o por grupos, pero en la sala recuerdo que acordamos que fuera por grupos.
* Sólo Rodrigo me mandó corregida la pregunta que su grupo dio. ¿Qué fue de las otras dos? ¡¡Apura!!
* Recuerden que cada grupo hace las tareas mandadas por los otros grupos, y corrige la que mandaron ellos. A mi mandan las notas y las tareas recibidas.

3. Falta presentación de un grupo. Yo el jueves estuve en la sala hasta las diez treintayalgo (según el reloj de la sala) así que si alguien se asomó, deduzco que no entraron; yo estuve sentado sobre una mesa y la única persona que cruzó la puerta en todo el rato fue un auxiliar que quería hacer aseo. Entonces: para poder ponerle la nota al grupo que falta, necesito que me expongan el tema a mi por lo menos (aunque ya no será materia vista por los demás compañeros). La presentación que me mandaron está demasiado "fotocopiada" del material recibido, así que necesito escucharlos para ver si en verdad digirieron algo. El único día viable es este jueves 9; cualquier hora del día me cuadra a mi en principio, pero tienen que avisarme la hora lo antes posible para ordenarme. Si alguno ya no está en la zona no es grave; con 2 de 3 me conformo.

Esop. Preocúpense de esas tareítas 3.1, 3.2, 3.3... son breves pero necesarias!

Importante: sobre tareas!!!

La tarea "3" será la suma de las tareas dadas por cada grupo al final de su presentación, más una que daré yo el jueves y que será de filogenia (que está sin evaluar).

3.1 (genoma y ensamblado), la tarea esta AQUI. Como no asignaron un email, supongamos que se la pueden mandar por mail a cualquiera de los tres integrantes. Plazo: jueves 2.

3.2 (anotación de genomas), la tarea está al final de la presentación correspondiente. El plazo se supone que ya pasó, pero como no habíamos precisado mecanismo de entrega pongámosle que el plazo sea el domingo 28. Email a clcaceresa@gmail.com.

3.3 (estructura de RNA), la tarea está al final de la presentación correspondiente. Plazo: jueves 2. Email: indicado en su enunciado.

3.4 y 3.5: se enuncian el jueves 2, se entregan hasta el miércoles 6.

Ojo, tanto al contestar como al corregir: ya que estas tareas son de "investigación", se espera que sean buenas, no un copy paste o una traducción barata vía google. Cada grupo corrige, pero yo revisaré después.

Temas presentaciones

UPDATE 1: ¿alguien queda sin tema? Me interesaría que alguien tome estructura de proteínas, para el próximo jueves.

UPDATE 2: Subidas las presentaciones de hoy jueves 18 (y las notas del control de biología; las notas de tarea 1 las tendré en algún momento del fin de semana). La tarea del grupo de Anotación está al final de la presentación; la del grupo de Ensamblado la estamos esperando!


Los temas, y el orden esperado para las presentaciones (de 1/2 clase cada una, grupos de 2-3), son

• (*) Genomas y ensamblado
• (*) Anotación de genomas
• (*) Estructura de RNA
• Estructura de proteínas
• Microarrays y expresión génica
• (*) Modelos booleanos de redes de regulación
• Gene Ontology

Los temas ya tomados están con asterisco. Aparte de la presentación misma, cada grupo debe dar una pequeña tarea sobre su tema.

Acuso recibo tareas

Acuso recibo de tarea #2 de:

• Almuna & Yáñez
• Bravo & Cares
• Canales
• Cáceres
• Fernández
• Maureira & Zamora
• Rivera & Tarud
• Salas

Y, aunque un poco tarde, acuso recibo de tarea 1 de las mismas personas.

Tarea 2 y ppt

UPDATE y precisión:

• Para hacer un poco más precisa su trabajo en la pregunta 2, recomiendo calcular la distancia de Levenshtein normalizada: la dividen por el promedio de longitud de las dos secuencias comparadas. De lo contrario, como las mutaciones les van a generar secuencias de largos distintos, la distancia sin normalizar no sería comparable (sería comparar peras con manzanas, o al menos con peras más chicas).
• Insisto en que lean bien el enunciado en la pregunta 3, aquí un palíndrome es una secuencia de DNA cuyo complemento (la secuencia invertida y además las letras reemplazadas según A x T, C x G) es idéntico. Miren el ejemplo.
  

Subí el powerpoint más reciente y también la tarea 2, para la cual acordamos como fecha de entrega el 14 de noviembre. Pueden hacerla de a 2 personas (pero no más). Consultas, como comentarios en este post. Saludos.

Clase martes 19 de octubre

Update: no hubo replies aquí, pero sé que al menos un par de personas aparecerán, así que sí, mañana jueves repito la clase que hice (a dos personas) el martes.

Alguien me recordó por mail que la clase de este jueves 21 la habíamos corrido para hoy martes 19; acabo de pedir sala y es la C-236; ojalá se les ocurra revisar el blog!

Si a ustedes también se les había olvidado y aparecen recién el jueves (2 ó más de ustedes, avisen por mail o comentario al post), entonces la hago de nuevo el jueves, no es problema.